A história da Igreja Batista da Capunga começou em 19 de abril de 1923 quando um grupo de 13 pessoas, sob a liderança do missionário W. C. Taylor, reuniu-se como objetivo de "melhor estender o Reino de Jesus Cristo nesta região", conforme consta em sua primeira ata. Esta reunião aconteceu num casarão localizado à rua Visconde de Goyanna, atual rua Dom Bosco, no centro do Recife e ali funcionou o primeiro Templo. Logo após a fundação da nova igreja, ainda no mês de abril, foi organizada a EBD – Escola Bíblica Dominical que àquela época contava com a classe de homens, de senhoras e de moças; em maio foi adquirido o primeiro instrumento musical – um piano e em junho ocorreram os primeiros batismos. Desde a sua fundação, a Capunga tem tido na sua liderança homens de Deus: o missionário Pr. James Leonel Downing foi o seu primeiro pastor e ficou no cargo por pouco tempo, de abril a agosto de 1923; o Pr. Harvey Harold Muirhead foi o segundo pastor, no período de 1923 a 1928 e no seu ministério foi criado o coral da igreja; o terceiro à frente da igreja foi o Pr. Robert Stanley Jones, de 1928 a 1930. Após isso, foi empossado o Pr. José Munguba Sobrinho, cujo pastorado ultrapassou três décadas, indo de 1930 a 1967. Durante este tempo a igreja cresceu consideravelmente, diversas congregações foram abertas, o trabalho de evangelização se intensificou e o novo e atual Templo da Capunga foi erguido e inaugurado.

Em substituição ao Pr. Munguba, tomou posse interinamente o Pr. Lívio Cavalcanti Lindoso, que ficou no cargo de 1967 a 1970. Após isso, a igreja foi conduzida pelo Pr. Manfred Grellert no período de 1970 a 1980, com um ministério voltado para a evangelização e o social. O Pr. José Almeida Guimarães foi pastor capunguense de 1980 a 2006 sendo o seu ministério marcado por grandes realizações, com a aquisição de imóveis, reformas prediais, um notável trabalho missionário e grandes conferências evangelísticas, anunciando o nome do Senhor Jesus Cristo. Foi sucedido pelo Pr. Ney Silva Ladeia, que permaneceu no cargo de 2006 a 2017. O Pr. Ney reafirmou a vocação missionária da Capunga, atuou com firmeza e convicção doutrinária em um ministério cristocêntrico.

De 2017 a 2019, no período de sucessão pastoral, a igreja ficou sob a responsabilidade administrativa do diácono Wagner José Andrade Neto e do Pr. Esdras Gaspar. Após esse tempo de transição, foi escolhido como pastor presidente da Igreja Batista da Capunga o Pr. Marcos Gaudard Corrêa que assumiu o cargo em culto solene na noite de 17 de agosto de 2019. A equipe ministerial conta também com o Pr. Benevando Farias - Apoio à Pessoa com Deficiência; Pr. David Moraes - Gestão; Pr. Ronaldo Aleixo - Expansão; França Cléia de Sousa - Formação Espiritual; Soraya Salazar Corrêa - Família e Marcelino Monte - Adoração. Atualmente a Capunga tem mais de 2.500 membros que se reúnem na sua Sede localizada à Rua Fernandes Vieira, nº 769 - Parque Amorim - Recife, além das congregações localizadas em Areias e nas Graças (Recife), em Peixinhos (Olinda), no Janga (Paulista) e em Nova Tiúma (São Lourenço da Mata).